Bei einer Lebensmittelunverträglichkeit kommt es zu der gleichen Art von Symptomen wie bei einer allergischen Reaktion. Beide können sich etwa in Juckreiz, einer Flatulanz, Diarrhö oder Bauchschmerzen bemerkbar machen. Der größte Gegensatz von einer Nahrungsmittelallergie und einer Nahrungsmittelunverträglichkeit liegt in den Abwehrreaktionen des Körpers. Derweil bei einer Allergie das Immunsystem abwehrend gegen bestimmte Stoffe eines zum Verzehr bestimmten Produktes vorgeht und Antikörper bildet, kommt es bei einer Unverträglichkeit nicht zur Interaktion des Immunsystems. Es wird allerdings wohl ebenso das biogene Amin Histamin ausgeschüttet, welches körperliche Reaktionen veranlasst. Der exakte Ablauf bei einer Nahrungsmittelunverträglichkeit ist jedoch bisher noch immer nicht komplett erforscht. In den meisten Fällen einer Unverträglichkeit fehlen der Person gewisse Protein-Enzyme, wodurch die Verwertung einzelner Bestandteile der Nahrung verlangsamt oder unmöglich gemacht wird. Die schlimmsten Arten von Nahrungsmittelunverträglichkeit sind Kohlenhydratmalabsorption und Glutenunverträglichkeit, weil die davon Betroffenen in diesen Fällen ihre ganze Ernährung verändern müssen. Das Protein Laktase ist für die Verwertung der Milch das heißt für die Teilung der Laktose verantwortlich. Fehlt dieses Ferment, so kann die Laktose nicht verdaut werden und bildet in der Magen-Darm-Region eine ideale Brutstätte für böse Bakterien. Diese Bakterienanhäufung führt dann letztendlich zu Übelkeit, Diarrhö und Flatulanzen. Um zu sehen, ob es sich um eine Laktoseunverträglichkeit oder um eine Allergie handelt, bei welcher sich die körperlichen Leiden gleichen, wird der Radio-Allergo-Sorbent-Test durchgeführt. Betroffene einer Laktoseintoleranz müssen auf laktosefreie Milch zurückgreifen oder spezielle Laktase-Tabletten nehmen. Handelt es sich allerdings tatsächlich um eine Milchzuckerallergie, sollten die in Milch enthaltenen Eiweiße unbedingt vermieden werden. Gluten ist ein Bestandteil, welcher vorwiegend in Roggen, Dinkel und Fahnenhafer enthalten ist. Demgemäß ist die Unverträglichkeit dieses Stoffes ebenfalls als Weizenallergie bekannt. Genauso geläufig sind die Termina Zöliakie und Sprue. Bei einer Glutenintoleranz wird die Mukosa des Dünndarms angegriffen. Schließlich kommt es zur Rückbildung der Darmzotten, die für die Aufnahme von Vitaminen zuständig sind. Typische Krankheitsanzeichen sind Schwäche, Gewichtsverlust, Diarrhö und Unwohlsein. Als einzige Therapiemöglichkeit bleibt den Betroffenen nur ein andauernder Verzicht auf glutenhaltige Lebensmittel. Betroffene können aber zum Beispiel versuchen auf Mais- , Wildreis- und andere Süßpflanzenprodukte umzusteigen.

